I pescatori raccontano che d'estate, quando soffia il vento dalla Toscana, si sente il pianto di Agilla. E, se all'improvviso si alza un'onda che rischia di fare rovesciare le barche: è la ninfa che crede di avere ritrovato Trasimeno.
Esistono altre versioni di questa leggenda, che vedono il bellissimo Tirreno sequestrato dalla ninfa Agilla, innamorata di lui. Durante la prigionia, Tirreno iniziò a ricambiare i sentimenti della ninfa, e quando dovette ritornare alla reggia pianse così tanto che le sue lacrime diedero vita al lago.
In realtà, il nome del lago sembra avere origini meno fantasiose. Secondo alcuni, sarebbe stato un semplice dono di nozze del re Tirreno al figlio. Ma più verosimilmente il nome avrebbe origine dalla posizione geografica del lago stesso: Trasimeno significherebbe "oltre il monte Imeno – o Menio – " come in epoca preromana si chiamava la montagna che a nord delimita il lago.